Multi-scale and spatio-temporal modeling in Oncology
Responsable d'équipe :
Aurélien De Reynies
Adjoint.e :
Bastien Rance
Nos travaux s’inscrivent dans le cadre du développement de la médecine de précision en oncologie. Nous développons des méthodes bioinformatiques et d’IA pour :
- Caractériser l’hétérogénéité intratumorale à différentes échelles (tissulaire, cellulaire et moléculaire) et aider mieux comprendre la biologie tumorale et la réponse aux traitements (Axe 1),
- Extraire des informations et de connaissances critiques à partir de données primaires (texte, image, NGS) concernant le patient et son parcours de soins (Axe 2),
- Produire des modèles multi-échelles et spatio-temporels des cancers et de leur prise en charge, pour l’aide à la décision clinique (Axe 3).
Thèmes scientifiques
Groupe Bioinformatique Cancérologique
Groupe Informatique Médicale
Principales publications
Community assessment of methods to deconvolve cellular composition from bulk gene expression. White BS, de Reyniès A, Newman AM, Waterfall JJ, Lamb A, Petitprez F, Lin Y, Yu R, Guerrero-Gimenez ME, Domanskyi S, Monaco G, Chung V, Banerjee J, Derrick D, Valdeolivas A, Li H, Xiao X, Wang S, Zheng F, Yang W, Catania CA, Lang BJ, Bertus TJ, Piermarocchi C, Caruso FP, Ceccarelli M, Yu T, Guo X, Bletz J, Coller J, Maecker H, Duault C, Shokoohi V, Patel S, Liliental JE, Simon S; Tumor Deconvolution DREAM Challenge consortium; Saez-Rodriguez J, Heiser LM, Guinney J, Gentles AJ. Nat Commun. 2024 Link.
Facilitating phenotyping from clinical texts: the medkit library. Neuraz A, Vaillant G, Arias C, Birot O, Huynh KT, Fabacher T, Rogier A, Garcelon N, Lerner I, Rance B, Coulet A. Bioinformatics. 2024 Link.
Prognostic score and sex-specific nomograms to predict survival in resectable lung cancer: A French nationwide study from the Epithor cohort database. Alifano M, Daffré E, Brouchet L, Falcoz PE, Le Pimpec Barthes F, Pages PB, Thomas PA, Dahan M, Porcher R. Lancet Reg Health Eur. 2022 Link.
Intratumor CMS Heterogeneity Impacts Patient Prognosis in Localized Colon Cancer. Marisa L, Blum Y, Taieb J, Ayadi M, Pilati C, Le Malicot K, Lepage C, Salazar R, Aust D, Duval A, Blons H, Taly V, Gentien D, Rapinat A, Selves J, Mouillet-Richard S, Boige V, Emile JF, de Reyniès A*, Laurent-Puig P*. Clin Cancer Res. 2021 Link.
B cells are associated with survival and immunotherapy response in sarcoma. Petitprez F, de Reyniès A, Keung EZ, Chen TW, Sun CM, Calderaro J, Jeng YM, Hsiao LP, Lacroix L, Bougoüin A, Moreira M, Lacroix G, Natario I, Adam J, Lucchesi C, Laizet YH, Toulmonde M, Burgess MA, Bolejack V, Reinke D, Wani KM, Wang WL, Lazar AJ, Roland CL, Wargo JA, Italiano A, Sautès-Fridman C, Tawbi HA, Fridman WH. Nature. 2020 Link.
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